魔法システムの変更
GBA版では、魔法システムそのものが大きく変更された。まず目をひくのは回数制ではなくポイント制になったことである。 各魔法に消費MPが設定され、それに基づいて魔法を使うことができるようになった。 キャラクターのMPから各魔法の消費MPを差し引いて魔法を使うシステムである。 この方式は今のRPGでの基本となっているものであるため特に説明はいらないだろう。
これによって魔法全体の使い勝手が大幅に上昇した。
MP回復手段の追加
これまでのMPの回復手段は、町の宿屋で休むか、コテージを使うかの２つしかなかった。そのため、洞窟などでは必然的に魔法を使うのは難しくなり、その配分にも悩まされることとなっていた。 GBA版ではエーテルをはじめとし、MP回復の手段が増えたためこれらの問題は大きく改善された。
「知性」の影響
これまでのFF1では、魔法の効果は魔法そのものに設定されており、回復量やダメージ量は使用者によって変化することはなかった。 しかしGBA版では使用者の「知性」が効果に影響されることとなった。このため、同じ魔法でも知性の高い白魔道士や黒魔道士が使うことによって高い効果を発揮できるようになった。 これは魔法効果のあるアイテムで魔法を発動した時も適用される。
魔法クリティカルの廃止
これまでのFF1では、属性を完全に無効化できる状態であるにも関わらず、魔法が効いてしまうことがあった。これは一般的に魔法クリティカルと呼ばれているものである。
GBA版ではこれは廃止されたようで、このような現象を見ることはできなくなった。その属性に耐性がある場合は確実に防ぐことができる。